Situación de la Licencia Médica y su Pago ante el Despido del Trabajador en Chile

Introducción: La Doble Vía de Protección – Relación Laboral vs. Derecho Previsional

Después de esta infografía, desarrollo del tema en profundidad.

La situación de un trabajador que es despedido mientras se encuentra con una licencia médica vigente es una de las consultas más críticas y recurrentes en el ámbito del derecho laboral chileno. Esta circunstancia genera una considerable incertidumbre, ya que el trabajador se enfrenta simultáneamente a la pérdida de su fuente de ingresos y a una condición de salud que le impide trabajar. Para comprender cabalmente los derechos y obligaciones que surgen en este escenario, es fundamental distinguir entre dos vínculos jurídicos que coexisten pero que son de naturaleza distinta: la relación laboral y la relación previsional.

1. La Relación Laboral: Es el vínculo contractual que une al trabajador con su empleador, regulado principalmente por el Código del Trabajo. Este vínculo, que da origen a obligaciones como la prestación de servicios y el pago de remuneraciones, puede extinguirse por diversas causales legales, incluido el despido.

2. La Relación Previsional: Es el vínculo que el trabajador, en su calidad de cotizante, mantiene con el sistema de seguridad social, es decir, con su organismo de salud (FONASA o ISAPRE) y su administradora de fondos de pensiones (AFP). Esta relación se rige por una normativa especial, destacando el Decreto con Fuerza de Ley N° 44 (D.F.L. N° 44) de 1978.¹

La clave para resolver la interrogante sobre el pago de la licencia médica post-despido radica en entender que la terminación del contrato de trabajo extingue la relación laboral, pero no anula automáticamente la relación previsional ni los derechos que de ella emanan. El derecho a recibir un Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL) no es un beneficio otorgado por el empleador, sino una prestación de seguridad social financiada por las cotizaciones del trabajador.³ Por lo tanto, aunque el despido pone fin al rol del empleador como intermediario en la tramitación de la licencia, el derecho del trabajador a percibir el subsidio persiste si cumple con los requisitos legales al momento de iniciarse la incapacidad.

Sección 1: El Ecosistema de la Licencia Médica en Chile

1.1. La Licencia Médica: Naturaleza y Finalidad

La licencia médica es un acto médico-administrativo formalizado en un documento, ya sea en formato papel o electrónico (Licencia Médica Electrónica - LME), emitido por un médico-cirujano, cirujano-dentista o matrona debidamente habilitado.⁴ Su propósito fundamental es certificar que un trabajador se encuentra temporalmente incapacitado para desempeñar sus labores, otorgándole el derecho a ausentarse de su trabajo, de forma total o parcial, por un período determinado para enfocarse en el restablecimiento de su salud.³

1.2. El Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL): El Beneficio Económico

Asociado a la licencia médica se encuentra el Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL), que corresponde a un monto en dinero destinado a reemplazar la remuneración del trabajador durante el período de reposo autorizado.⁵ Este subsidio tiene como finalidad principal cubrir la contingencia económica que provoca la incapacidad temporal para trabajar.⁹

El pago del SIL está sujeto a una regla de carencia, dependiendo de la duración del reposo ¹⁰:

• Licencias de 11 días o más: El subsidio se paga desde el primer día de reposo.

• Licencias de 10 días o menos: Los primeros tres días de reposo no se pagan (período de carencia), y el subsidio se devenga a partir del cuarto día.

• Licencias continuadas: Si a una licencia inicial de menos de 11 días le sigue otra, sin interrupción y por el mismo diagnóstico, y la suma de ambas supera los 10 días, se debe reliquidar el primer subsidio para pagar también los tres primeros días que inicialmente fueron descontados.¹⁰

1.3. Requisitos para el Derecho a SIL (D.F.L. N° 44, Art. 4)

Para que un trabajador tenga derecho a percibir el SIL, no basta con la sola emisión de la licencia médica; debe cumplir con requisitos específicos de afiliación y cotización, los cuales varían según la naturaleza de su contrato de trabajo. Un requisito transversal es que el contrato laboral debe encontrarse vigente al momento de iniciar el reposo médico.⁹

• Trabajador Dependiente con Contrato Indefinido:

  • Contar con una licencia médica debidamente autorizada.

  • Tener un mínimo de 6 meses de afiliación a un sistema previsional (AFP o el antiguo INP).¹³

  • Acreditar un mínimo de 3 meses (equivalentes a 90 días) de cotizaciones pagadas, continuas o discontinuas, dentro de los 6 meses anteriores al inicio de la licencia.⁹

• Trabajador Dependiente con Contrato a Plazo Fijo, por Obra o Faena:

  • Contar con una licencia médica autorizada.

  • Tener un mínimo de 6 meses de afiliación previsional.

  • Acreditar un mínimo de 1 mes (equivalente a 30 días) de cotizaciones pagadas, continuas o discontinuas, dentro de los 6 meses anteriores al inicio de la licencia.¹³

1.4. Entidades Administradoras y Pagadoras

La gestión y el pago del SIL son responsabilidad de distintas entidades, dependiendo del sistema de salud al que pertenezca el trabajador:

• Afiliados a FONASA: La Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN) es la entidad encargada de autorizar, modificar o rechazar la licencia. El pago del subsidio lo efectúa la misma COMPIN o, si el empleador está afiliado, la Caja de Compensación de Asignación Familiar (CCAF) correspondiente.¹⁰

• Afiliados a ISAPRE: La Institución de Salud Previsional (ISAPRE) es responsable tanto de la autorización de la licencia como del pago directo del subsidio al trabajador o, en caso de convenio, al empleador.¹⁰

Sección 2: El Despido Durante la Incapacidad Laboral: Límites y Permisiones

Existe una creencia extendida pero errónea de que un trabajador con licencia médica goza de un "fuero" que impide su despido bajo cualquier circunstancia. La legislación chilena no establece un fuero general, sino una protección específica y acotada que prohíbe el despido solo por ciertas causales. Por lo tanto, un empleador sí puede, legalmente, despedir a un trabajador con licencia médica si invoca una de las causales permitidas por la ley.²⁰ Esto obliga al trabajador a analizar detenidamente la causal informada en su carta de despido para determinar la legalidad de la terminación de su contrato.

2.1. La Prohibición Explícita del Artículo 161 del Código del Trabajo

La única protección explícita que otorga la ley se encuentra en el inciso final del artículo 161 del Código del Trabajo. Esta norma prohíbe al empleador invocar las siguientes causales de despido mientras el trabajador se encuentre gozando de licencia médica (por enfermedad común, accidente del trabajo, enfermedad profesional, o licencia maternal o por enfermedad grave del niño menor de un año) ²²:

• Necesidades de la empresa, establecimiento o servicio.

• Desahucio escrito del empleador.

Si un empleador notifica el despido por estas causales con el preaviso de 30 días y, durante ese lapso, el trabajador presenta una licencia médica, el conteo del plazo de preaviso se suspende y se reanuda una vez que el reposo ha concluido.²⁴

2.2. Causales de Despido Permitidas

Fuera de la prohibición del artículo 161, el empleador está facultado para poner término al contrato de trabajo por las demás causales que establece la ley, aun cuando el trabajador esté con licencia médica. La siguiente tabla resume la situación para cada causal:

Tabla 2.1: Legalidad del Despido Durante Licencia Médica según Causal

Causal de Término	Artículo (C. del Trabajo)	¿Permitido durante Licencia Médica?
Mutuo acuerdo de las partes	159 N° 1	Sí
Renuncia del trabajador	159 N° 2	Sí
Muerte del trabajador	159 N° 3	Sí
Vencimiento del plazo convenido	159 N° 4	Sí 22
Conclusión del trabajo o servicio	159 N° 5	Sí 23
Caso fortuito o fuerza mayor	159 N° 6	Sí 25
Faltas graves (Conducta indebida, etc.)	160	Sí 25
Necesidades de la empresa	161 inc. 1	No 21
Desahucio del empleador	161 inc. 2	No 27

2.3. Consecuencias de un Despido Ilegal o Discriminatorio

Aunque un empleador puede invocar una causal del artículo 160 (falta grave) para despedir a un trabajador con licencia, si esta causal es utilizada como un pretexto para ocultar el verdadero motivo —la enfermedad del trabajador—, el despido puede ser impugnado en tribunales. En tal caso, el trabajador podría interponer una demanda de tutela de derechos fundamentales por discriminación en razón de su estado de salud.²⁸ De acogerse la demanda, el tribunal podría ordenar el pago de indemnizaciones especiales que van de 6 a 11 remuneraciones mensuales, adicionales a las indemnizaciones propias del despido.²⁸

Sección 3: El Derecho al Pago Íntegro del Subsidio Post-Despido: El Pilar del D.F.L. N° 44

3.1. El Artículo 15 del D.F.L. N° 44: La Norma Clave

La piedra angular que garantiza la protección económica del trabajador despedido se encuentra en el artículo 15 del D.F.L. N° 44 de 1978. Esta norma establece de manera inequívoca:

“Los subsidios durarán hasta el término de la correspondiente licencia médica, aun cuando haya terminado el contrato de trabajo.” ¹

La redacción de este artículo es categórica y no admite interpretaciones que limiten el pago del subsidio a la fecha de término del contrato. Su mandato es claro: el beneficio previsional se desliga del destino de la relación laboral y se mantiene mientras persista la incapacidad certificada.

3.2. La Respuesta Definitiva a la Consulta del Usuario

Con base en la norma citada, la respuesta a la pregunta central es definitiva: si una licencia médica fue emitida mientras el contrato de trabajo estaba vigente y el trabajador cumplía los requisitos legales para acceder al subsidio, el pago del SIL debe cubrir la totalidad de los días de reposo indicados en dicha licencia y en sus continuaciones, sin importar que el trabajador sea despedido durante ese período. El pago no se interrumpe en la fecha del despido, sino que se extiende hasta el último día de reposo autorizado.

3.3. El Concepto de Licencias "Continuadas"

La protección del artículo 15 no se limita a la licencia médica que estaba vigente al momento del despido. La Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO) ha sostenido de manera consistente que esta protección se extiende a todas aquellas licencias que se otorguen "sin solución de continuidad" (es decir, una inmediatamente después de la otra) y que respondan al mismo diagnóstico médico.³²

Esto significa que si un trabajador es despedido durante una licencia de 20 días y, al finalizar esta, su médico le extiende una nueva licencia por el mismo cuadro clínico, esta segunda licencia también da derecho a subsidio, a pesar de haber sido emitida cuando el trabajador ya se encontraba cesante.³⁴

Sección 4: Guía Práctica: Cómo Tramitar y Cobrar su Licencia Médica si ha sido Despedido

Una vez que se produce el despido, la dinámica de tramitación de la licencia médica cambia fundamentalmente. La responsabilidad, que antes recaía en el empleador, se traslada por completo al trabajador, quien debe asumir un rol activo para gestionar y asegurar el pago de su beneficio.

4.1. El Nuevo Rol del Trabajador Cesante

Al extinguirse el contrato de trabajo, el ex-empleador queda liberado de su obligación de recepcionar y tramitar las licencias médicas. A partir de ese momento, el trabajador despedido debe presentar el documento directamente ante su organismo de salud previsional.³²

4.2. Procedimiento Detallado según Sistema de Salud

El procedimiento varía si el trabajador está afiliado a FONASA o a una ISAPRE. La siguiente tabla detalla los pasos a seguir en cada caso.

Tabla 4.1: Guía de Tramitación de Licencia Médica para Trabajador Cesante

Criterio	Procedimiento para Afiliados a FONASA	Procedimiento para Afiliados a ISAPRE
¿Qué licencia se tramita?	La licencia vigente al momento del despido y/o las licencias "continuadas" por el mismo diagnóstico.33	La licencia vigente al momento del despido y/o las licencias "continuadas" por el mismo diagnóstico.
¿Dónde se presenta?	Directamente en la oficina de la COMPIN correspondiente al domicilio del trabajador o en la Caja de Compensación (CCAF) si el ex-empleador estaba afiliado a una.32	Directamente en una sucursal o a través de los portales en línea de la ISAPRE respectiva.32
Pasos y Documentos	1. Presentación: Entregar la licencia médica (formulario papel o comprobante de LME). 2. Documentación de respaldo: Adjuntar finiquito o carta de despido, copia del contrato de trabajo, y certificados de cotizaciones de AFP y salud para acreditar el cumplimiento de requisitos.12	3. En caso de problemas: Si la COMPIN objeta la tramitación por falta de la sección del empleador, el trabajador puede acudir a la Inspección del Trabajo para solicitar una "Declaración Jurada para Tramitación de Licencia Médica", la cual suple la firma del empleador.35	1. Notificación de Cesantía: Informar a la ISAPRE del término de la relación laboral en un plazo de 10 días desde la fecha del despido, presentando el finiquito o carta de despido. Esto es crucial para actualizar el estatus a cotizante voluntario o independiente.39	2. Presentación: Entregar la licencia médica a la ISAPRE. 3. Documentación de respaldo: Adjuntar los documentos que la ISAPRE solicite, que usualmente incluyen el finiquito y certificados de cotizaciones para verificar el cumplimiento de los requisitos legales para el subsidio.36

Sección 5: Aspectos Financieros y Legales Conexos

El despido durante una licencia médica tiene implicancias que van más allá del pago del subsidio, afectando el cálculo del finiquito y la continuidad de las cotizaciones previsionales.

5.1. El Cálculo del Finiquito y la Indemnización por Años de Servicio

Un temor común del trabajador es que su indemnización por años de servicio se vea disminuida, ya que su "última remuneración" podría ser muy baja o nula debido a los meses con licencia. Sin embargo, la ley y la jurisprudencia administrativa de la Dirección del Trabajo (DT) protegen al trabajador de esta situación.⁴³ El subsidio por incapacidad laboral no se considera "remuneración" para efectos del cálculo de las indemnizaciones.⁴³

La regla para determinar la base de cálculo, según el artículo 172 del Código del Trabajo y los dictámenes de la DT, es la siguiente ⁴³:

• Trabajadores con remuneración fija: Se debe considerar la última remuneración mensual pagada íntegramente por el empleador. Si en el último mes antes del despido hubo licencia, ese mes se descarta y se debe retroceder en el tiempo hasta encontrar el último mes en que el trabajador percibió su sueldo completo.⁴³

• Trabajadores con remuneración variable: Se debe calcular el promedio de las remuneraciones percibidas en los últimos tres meses calendario completamente trabajados. Si dentro de los tres meses previos al despido hubo períodos con licencia, dichos meses se excluyen del promedio y se debe retroceder a los meses anteriores hasta completar tres meses de remuneración íntegra para realizar el cálculo.⁴⁵

5.2. Las Cotizaciones Previsionales (AFP, Salud, Seguro de Cesantía)

Durante el período en que el trabajador cesante recibe el subsidio por incapacidad laboral, la entidad pagadora del mismo (COMPIN, CCAF o ISAPRE) tiene la obligación de retener de dicho subsidio y pagar las cotizaciones previsionales correspondientes a salud y pensiones.¹ Esto asegura que el trabajador no genere lagunas previsionales que afecten su futura pensión o la continuidad de su cobertura de salud.

5.3. Vías de Reclamación

Si el subsidio es rechazado o modificado, el trabajador tiene derecho a apelar:

• Rechazo de una ISAPRE: La primera instancia de apelación es la COMPIN correspondiente al domicilio del trabajador. El plazo para apelar es de 15 días hábiles desde la notificación del rechazo.¹⁰

• Rechazo de la COMPIN (o si la COMPIN ratifica un rechazo de ISAPRE): La resolución de la COMPIN puede ser apelada ante la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO), que actúa como la última instancia administrativa.¹⁰

• Plazo de prescripción: El derecho a solicitar y cobrar un subsidio por incapacidad laboral prescribe en un plazo de 6 meses, contados desde la fecha de término de la respectiva licencia médica.¹⁸

Conclusión y Recomendaciones Finales

El análisis de la normativa y la jurisprudencia administrativa permite establecer con certeza los derechos del trabajador despedido en el contexto de una licencia médica. Estos pueden sintetizarse en los siguientes puntos irrevocables:

1. Continuidad del Beneficio: El despido no extingue el derecho al pago íntegro del Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL) por la totalidad de los días de reposo autorizados en la licencia médica vigente al momento del término del contrato, así como de sus continuaciones directas.

2. Protección Limitada contra el Despido: La protección legal contra el despido no es absoluta. Se prohíbe específicamente invocar las causales de "necesidades de la empresa" o "desahucio" (artículo 161 del Código del Trabajo), pero se permiten las demás causales legales.

3. Responsabilidad del Trabajador: Tras el despido, la responsabilidad de tramitar la licencia médica se transfiere del ex-empleador al trabajador, quien debe presentarla directamente ante la COMPIN o su ISAPRE.

4. Protección del Finiquito: La base de cálculo para las indemnizaciones por término de contrato no se ve perjudicada por los períodos de licencia, ya que la ley exige utilizar meses de remuneración completa para dicho cálculo.

Para resguardar eficazmente estos derechos, se formulan las siguientes recomendaciones prácticas finales:

• Actuar con Rapidez: Es crucial cumplir con los plazos legales, como notificar la cesantía a la ISAPRE (10 días) y presentar las licencias médicas para su tramitación sin demora.

• Documentar Todo: Se debe conservar una copia de toda la documentación relevante: carta de despido, finiquito, contratos, liquidaciones de sueldo, formularios de licencia y cualquier comunicación oficial con el ex-empleador o las entidades previsionales.

• Asesoría Legal con el Finiquito: Es altamente recomendable no firmar el finiquito sin la asesoría de un abogado laboralista, especialmente si existe desacuerdo con la causal de despido, los montos ofrecidos o los descuentos aplicados. Si se decide firmar para acceder a los fondos, es imperativo escribir de puño y letra, antes de la firma, una "reserva de derechos". Esta reserva debe especificar los derechos que se reclaman (ej: "Me reservo el derecho a demandar por despido injustificado, nulidad del despido y por diferencias en la base de cálculo de las indemnizaciones"). Este acto es fundamental para preservar la posibilidad de iniciar acciones legales futuras.²⁹

• Conocer las Vías de Reclamación: Tener claridad sobre los procedimientos de apelación ante la COMPIN y la SUSESO es vital en caso de que el subsidio sea rechazado o calculado incorrectamente.

Fuentes citadas

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2. nuevo.leychile.cl, acceso: julio 28, 2025, https://nuevo.leychile.cl/servicios/Consulta/Exportar?radioExportar=Normas&exportar_formato=pdf&nombrearchivo=DFL-44_24-JUL-1978&exportar_con_notas_bcn=True&exportar_con_notas_originales=True&exportar_con_notas_al_pie=True&hddResultadoExportar=4252.1978-07-24.0.0%23#:~:text=Decreto%20con%20Fuerza%20de%20Ley%2044&text=ESTABLECE%20NORMAS%20COMUNES%20PARA%20SUBSIDIOS,%C2%B0%20de%20Junio%20de%201978.

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34. Licencia Médica para Trabajadores Cesantes en Chile - TikTok, acceso: julio 28, 2025, https://www.tiktok.com/@abogadasaracastro/video/7279601691522075909

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36. ¿cómo tramitar una licencia médica? - Isapre Consalud, acceso: julio 28, 2025, https://www.consalud.cl/novedades/informativo-tramitacion-de-licencias-medicas.html

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38. Declaración jurada para tramitar una licencia médica - Chileatiende, acceso: julio 28, 2025, https://www.chileatiende.gob.cl/fichas/1387-declaracion-jurada-para-tramitar-una-licencia-medica

39. Contrato de Salud - Superintendencia de Salud, Gobierno de Chile, acceso: julio 28, 2025, https://www.superdesalud.gob.cl/tax-materias-isapres/contrato-de-salud-3464/

40. queplan.cl, acceso: julio 28, 2025, https://queplan.cl/QP-Blog/Isapres/Quedaste-cesante-Debes-informarlo-a-tu-Isapre#:~:text=El%20afiliado%20que%20queda%20desempleado,y%20firmada%20ante%20la%20Inspecci%C3%B3n

41. ¿Quedaste cesante? Debes informarlo a tu Isapre - QuePlan.cl, acceso: julio 28, 2025, https://queplan.cl/QP-Blog/Isapres/Quedaste-cesante-Debes-informarlo-a-tu-Isapre

42. Cobertura de Cesantía | Isapre Banmédica, acceso: julio 28, 2025, https://www.banmedica.cl/cobertura-de-cesantia/

43. ¿Cuál es la remuneración mensual que debe considerarse para el ..., acceso: julio 28, 2025, https://www.dt.gob.cl/portal/1628/w3-article-60589.html

44. MS Responde #130: ¿Me pagan menos si tuve licencia médica? - YouTube, acceso: julio 28, 2025, https://www.youtube.com/watch?v=-qD8lBZUqUM

45. ¿Cómo se determina la indemnización por años de servicio del trabajador sujeto a remuneración variable cuando ha estado acogido a licencia médica en algún período en los tres últimos meses? - DT - Consultas, acceso: julio 28, 2025, https://www.dt.gob.cl/portal/1626/w3-article-60603.html

46. ¿Cuál es la base de cálculo para las indemnizaciones con ..., acceso: julio 28, 2025, https://derechopedia.cl/%C2%BFCu%C3%A1l_es_la_base_de_c%C3%A1lculo_para_las_indemnizaciones_con_remuneraci%C3%B3n_variable%3F

47. Topes, pagos y formas de pago licencia medica | Isapre Colmena, acceso: julio 28, 2025, https://www.colmena.cl/topes-pagos-y-formas-de-pago-licencia-medica/